Trường PT DTNT huyện Kon Rẫy trước đây là trường PTTH DTNT huyện Kon Plông (cũ) là một đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở GD&ĐT quản lý.
Từ năm 2002, trường có tên là trường THPT DTNT huyện Kon Rẫy theo quyết định số 309/QĐ-CT ngày 10/10/2002 của Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum.
Từ năm 2008 đến nay, trường có tên là trường PTDTNT huyện Kon Rẫy theo quyết định số 324/QĐ- CT ngày 27/5/2008 của Chủ tịch UBND tỉnh Kon Tum.